Do najważniejszych minusów instalacji pompy ciepła zalicza się:
- wysoką cenę (zwłaszcza przy pompach gruntowych),
- najlepszą wydajność z ogrzewaniem niskotemperaturowym, które wyklucza użycie tradycyjnych grzejników, dobrze sprawdza się tu ogrzewanie płaszczyznowe,
- dość wysoki poziom hałasu, który może być uciążliwy,
- mniejsza wydajność powietrznych pomp ciepła przy dużych mrozach.